關于果酒生產線的滅菌，一種是需要殺死病原體和腐敗細菌污染的果汁，在特定環境下破壞果酒口感，如一定時間內關閉的瓶、罐或其他容器；另一種是在滅菌過程中盡可能保護果酒的營養和風味。
果酒生產線殺菌包括熱殺菌和冷殺菌。
在汁熱滅菌法、巴氏殺菌(長時間低溫滅菌法)，高溫和超高溫滅菌法。
良好的殺菌效果的熱殺菌方法，但溫度往往會對果汁質量的殺菌和不利影響，如顏色，味道，營養損失等。
果汁冷殺菌在兩大類中都有物理殺菌和化學殺菌。物理滅菌是利用現場（包括電場、磁場）、高壓、電子、光等物理手段，在低溫或室溫下達到滅菌方法的目的。普通物理殺菌技術的脈沖電場殺菌的超高電壓，脈沖強光殺菌、高壓靜電滅菌，半導體光催化殺菌、微波殺菌、輻照殺菌等。
化學殺菌是利用化學試劑使蛋白質凝固的干擾變性，酶的活性，抑制細菌的生長和代謝，或破壞膜結構，破壞其生理功能，實現殺菌。有一種常見的化學殺菌方法，使用過氧化氫、環氧乙烷、次氯酸鈉等化學殺菌。
有物理殺菌技術是一種“綠色”殺菌技術，其熱穩定性和化學殺菌具有以下特點：
(1)殺菌效果高，避免溫度過高造成營養損失，能更好地保持果汁的天然香料。
(2)避免化學試劑對人體的危害。
(3)減少化學試劑對環境的污染。
(4)對設備及設備提出更高的要求。
